Аладжа манастир е най-известният средновековен скален манастир по Българското Черноморие, обитаван от монаси-отшелници през XIII – XIV век. Началото на системни проучвания на този християнски паметник е поставено в края на ХІХ век от основоположниците на българската археология – братя Карел и Хермин Шкорпил.
През 1927 г. Аладжа манастир е обявен за “народна старина”, а през 1968 г. – за архитектурен паметник на културата от национално значение. Няма данни за това кога е основана монашеската обител. Оцелелите в параклиса стенописи свидетелстват, че тук е кипял богат духовен живот по време на Второто българско царство (ХІІІ-ХІV в ).
След падането на България под османско робство в края на ХIV век Аладжа манастир постепенно запада и вероятно към края на XV или началото на XVI век е окончателно изоставен.
Християнското име на манастира е неизвестно. Названието “аладжа” е от персийски или арабски произход и означава “пъстър, шарен”. В началото на миналия век К.Шкорпил е записал едно предание, според което патрона на манастира е бил  Св.Спас ( от Христос Спасител ). Необичайните архитектурни форми и многобройните предания за скрити съкровища и призраци на монаси, бродещи сред развалините, създават тук атмосфера на тайнственост и мистика, която от десетилетия привлича многобройни почитатели.  За един век тези дадености утвърждават Аладжа манастир като една от най-привлекателните туристически дестинации по Българското Черноморие, включена в почти всички световни гидове. През 70-те години на миналия век в близост до манастира е изградена музейна сграда, в която наред с постоянната експозиция, представяща миналото на монашеската обител, са уредени и други, посветени на българската християнска култура.
Във фоайето на музея посетителите могат да закупят научнопопулярни издания, дискове с българска църковна музика, разнообразни сувенири.